学校图书馆有黄家湖校区和昙华林校区两个馆舍，总面积3.7万㎡，黄家湖图书馆楼高九层，面积3.2万㎡，为学校标志性建筑，借鉴大拱门建筑设计理念，注入中国传统文化天圆地方的概念，设计出基座四方、顶部圆空、中间通透、外形如门之九层建筑，有知识之门、智慧之门、求索之门、开放之门的寓义。

我馆于1998年实现计算机管理，汇文图书馆自动化管理系统全面覆盖图书馆业务工作，建有140座的多媒体阅览室，提供中外文电子图书148万余种、电子期刊91万余册。图书馆设有总服务台，实行图书的统借统还，以及与图书资源相关的参考咨询服务；另有自助借还机、自习选座系统、朗读亭等配套设施。图书馆每周开放时间96小时，设有各类阅览室16间，阅览座位2800余个，全部实行开架阅览，有5个藏、借、阅一体的开放式图书阅览室，现有纸质藏书171万余册，古籍文献1.9万余册，纸质中外文期刊1千余种。从学校专业设置特点出发，根据学科与专业发展需要，图书馆建立了以中医经典图书资源为特色，医药卫生及相关生物学科为重点的馆藏体系。

图书馆设有文献资源建设部、读者服务部、参考咨询部、信息技术部、古籍特藏部、昙华林分部和办公室（六部一室）。现有各类型职工42人（在职28人、合同制8人、临时用工6人），其中正高3人、副高9人、中级9人，有研究生学历的25人。我馆八十年代即被湖北省卫生厅确定为科研课题查新单位，1995年被国家中医药管理局批准为“中国中医药文献检索中心湖北分中心”和“全国中医药文献查新单位”。